Huida y Venganza
Tras su llegada a la Aguja, Maul es torturado e interrogado por los dos lores Sith con la intención de averiguar los nombres de los líderes de la Sombra Colectiva y el paradero de la Madre Talzin para acabar con todos ellos.
Maul, aguantó el interrogatorio sin decir nada sobre el tema. Cuando Dooku, salió de la celda, Rook Kast y Gar Saxon, hicieron un agujero en la pared y rescataron a Maul. Lo que no sabían, era que Darth Sidious, había facilitado la huida de Maul con idea de seguirles hasta donde se escondía la Madre Talzin.
Darth Maul, intuyendo que su huida había sido demasiado fácil, decide reagrupar a su ejército en Zanbar. Allí, se enfrenta al ejército separatista del General Grievous con el que llega a combatir. Grievous, derrota a Maul y le obliga a huir. Al no tener otra opción, regresa a Dathomir con las Hermanas de la Noche.
Cuando llegó a Dathomir, contactó a través de la Fuerza con la Madre Talzin. Ésta, sabiendo que todo era una trampa orquestada por Sidious, ordena a Maul a llevar a su ejército a Ord Mantell para pagar con la misma moneda a los Sith.
El Enemigo de mi Enemigo es mi Amigo
La estrategia de Darth Maul fue sublime, decidió comandar el grueso de su ejército en la órbita del planeta para atraer al ejército separatista y envió un pequeño grupo de Hermanos de la Noche a capturar al Conde Dooku en la superficie.
En la órbita, Maul dirigía a la Guardia de la Muerte, derrotando al ejército separatista y capturando a Grievous en el proceso. En tierra, el Hermano Viscus y su pequeño comando, se infiltraba tras las filas enemigas y capturaba a Dooku.
Con los Sith capturados, Maul contactó a Sidious. Éste, le dijo a Maul que ya no los necesitaba y que los matara si quisiera, pero el antiguo Sith tenía otros planes. Habló con Dooku, junto con la Madre Talzin, para que el Conde se diera cuenta de que todos habían sido traicionados por Sidious y trabajaran juntos para derrotarle.
Mientras hablaban, un grupo de Jedi, que habían estado siguiendo a la Guardia de la Muerte atacó el puesto avanzado. El ataque, liderado por los Maestros Obi Wan Kenobi, Mace Windu y Aayla Secura , junto con Tiplee; Obliga a Dooku a aliarse con Maul por su supervivencia.
El combate se prolongó, hasta que Gar Saxon detonó una bomba que provocó la confusión suficiente para que los Sith y la Guardia de la Muerte pudieran huir.
La Trampa de Dathomir
Al poco de llegar a Dathomir, Maul le dice a Dooku que sabe que su alianza es una farsa y que sigue trabajando para Sidious, pero ése era el plan del Zabrak junto con la Madre Talzin desde el principio.
Con un ritual, la Madre Talzin drena toda la energía vital del Conde con la intención de acabar con su vida para renacer ella. Durante el ritual, aparece Darth Sidious junto al General Grievous (al que había rescatado previamente) con la intención de acabar de una vez por todas con su antiguo aprendiz y la Madre Talzin.
Debido a que el ritual se interrumpió, Talzin seguía con su consciencia en el cuerpo de Dooku usándolo para combatir a Sidious mientras Maul combatía al General. El Gran Lord Sith, era muy superior a la unión de la consciencia de la Madre Talzin y las habilidades del Conde Dooku, tomando rápidamente ventaja en el combate y dominándoles con los rayos de la fuerza. Para evitar la muerte, Talzin abandona el cuerpo de Dooku y se confiere un cuerpo físico pero débil.
Maul, logra alejar con la fuerza a Grievous y al combatir con Sidious, éste también le somete con los rayos de la fuerza. Mientras agoniza, Maul pide a su Madre que le dé más poder para combatir al Lord Sith, pero se niega ordenando a Maul huir del combate. Al negarse, la bruja empujó con la fuerza a Maul y con la ayuda de Rook Kast, huyeron. Mientras escapaban, vio cómo Sidious acababa con su Madre, el ejército separatista aniquilaba a la Sombra Colectiva y todos sus sueños de venganza acababan.
Darth Sidious, dejó que Maul escapara, puesto que aunque no le había matado, le había eliminado como un rival en la Regla de Dos.
El Sitio de Mandalore
Sin sitios a los que huir, ni recursos. Maul, junto a su Guardia de la Muerte acude a Mandalore donde se ocultan durante un tiempo.
Durante los últimos días de las Guerras Clon, la República envió a Mandalore una pequeña parte del Gran Ejército de la República para liberar al planeta de Maul y su Guardia. Éste ejército, comandado por los Maestros Obi Wan Kenobi, Anakin Skywalker y su padawan Ahsoka Tano.
Al poco de comenzar el sitio, Obi Wan y Anakin fueron reclamados por la Orden para rescatar al Canciller Palpatine que había sido secuestrado por el General Grievous y el Conde Dooku (lo que más tarde sería, el final de las Guerras Clon). Debido a esto, a cargo del Sitio se quedó Ahsoka y el capitán clon ‘Rex’.
Esta campaña, se prolongó durante meses, llegando a enfrentarse en alguna ocasión Darth Maul y Ahsoka. Cuando se llevó a cabo la Orden 66, Rex y Ahsoka fingieron su muerte y aprovechando la confusión Maul huyó del planeta, pasando a la clandestinidad durante años…
Sed de Venganza
Debido a su inmenso odio interior y su sed de venganza hacia Obi Wan Kenobi, al que culpaba de todos los hechos que habían ido sucediendo en su vida, Maul viaja a Malachor en busca del templo Sith.
Su objetivo era un holocrón Sith, que quería usar para averiguar si Kenobi había sobrevivido a la Orden 66 y su paradero, pero todo el templo estaba diseñado para poder usarse por dos usuarios de la fuerza, lo que le llevó a permanecer allí años.
Tras años de soledad, apareció el joven padawan Ezra Bridger, al que Maul trató de engañar para poder conseguir con su ayuda el holocrón. Al descubrir Ezra la verdad, Maul le dice que ya no es un Sith, porque fue utilizado por la Orden quienes mataron a su hermano y a su madre.
Según avanzaban por el templo, se encontraron con los acompañantes de Ezra, Ahsoka Tano y Kanan Jarrus que estaban luchando contra tres inquisidores. Para ganarse la confianza de los Jedi y su antigua enemiga, Maul combatió él solo a los tres inquisidores haciéndoles huir.
Más tarde, explicó al grupo que si deseaban conocer la respuesta a sus preguntas debían colocar el holocrón en lo alto de la pirámide. En realidad, lo que Maul quería era activar la superarma que se encontraba en lo alto de la cúspide.
Para llegar a lo más alto de la pirámide, se separaron, quedando Ezra con Maul a solas. Aprovechando la situación, Maul trató de hacer de Ezra su aprendiz y llevarlo al lado oscuro embaucándole. Lamentablemente, un inquisidor les cortó el paso. Cuando se enfrentaron a él, Maul quiso que Ezra lo asesinara, pero éste se negó y Maul lo asesinó por él. Ambos ayudaron a Ahsoka con el segundo inquisidor, al que también mató Maul y el tercero intentó huir, pero al haber resultado dañado su sable que usaba como un helicóptero para descender durante el combate, cayó al vacío. Acto seguido y aprovechando que Ezra y Ahsoka habían subido a la cima a colocar el holocrón, atacó a Kanan dejándole ciego con su sable láser. A pesar de ello, Kanan se sobrepuso e hizo caer a Maul al vacío, que sobrevivió y usó una de las naves de los inquisidores para huir una vez más.
El Final de la Sombra
Maul engañó al escuadrón fénix para abrir el holocrón junto a Ezra. De esta manera, descubrió que Obi Wan seguía vivo, pero lamentablemente no sabía dónde estaba. Sin saberlo, la ubicación la conocía Ezra, ya que toda información que da el holocrón viene fragmentada.
Maul, mediante engaños de visiones de la fuerza atrae a Ezra a Tatooine. Éste acude, pensando que Kenobi está en peligro, sin saber que en realidad está siendo usado como cebo para el propio Obi Wan.
Maul, no entiende por qué Obi Wan, que había sido un Gran Maestro de la Orden Jedi, estaba en un planeta recóndito, pobre y no luchando contra el Imperio con la Resistencia. Pero, él mismo, deduce que está protegiendo a alguien.
Darth Maul, por fin obtiene lo que desea, un combate contra Obi Wan. Debido al arte de combate agresivo de Maul y el arte defensivo y único de Kenobi, el combate dura unos pocos segundos. Aprovechando la fuerza del ataque de Maul, Obi Wan le hiere mortalmente en el pecho.
En los momentos previos de su muerte, Obi Wan como muestra de respeto hacia su máximo enemigo, le sostiene en sus brazos mientras dice sus últimas palabras:
Darth Maul: Dime, ¿Es el Elegido?
Obi Wan Kenobi: Lo es.
Darth Maul: Él, nos vengará…
Tras decir esas últimas palabras, Maul finalmente muere. Obi Wan, como muestra de respeto, cierra los ojos de su enemigo, siendo éste el final del hijo de Dathomir, del aprendiz caído, de la sombra eterna…