El Senado Galáctico de Coruscant. Liderada por el Supremo Canciller Palpatine, la cámara legislativa de la República Galáctica fue el lugar donde se tomaron algunas de las decisiones más relevantes para la galaxia a lo largo de la historia de Star Wars. Pero, poco antes de las Guerras Clon, varios sistemas abandonaron esta institución, decepcionados por las políticas económicas centralistas de la República, la corrupción y la falta de seguridad que esta les proporcionaba. Sin embargo, aunque se pueda pensar lo contrario, estos sistemas, que conformaron la Confederación de Sistemas Independientes, no estaban controlados únicamente por el Conde Dooku y los intereses económicos de la Federación de Comercio o la Alianza Corporativa, sino que, como la República, estaban regidos por un parlamento fundado el 24 ABY: el Parlamento Separatista.
También conocido como Congreso Separatista o Senado Separatista, este órgano político era el centro de poder de la Alianza Separatista. Senadores representantes de miles de planetas pertenecientes al movimiento separatista, junto a corporaciones que también tenían su voz garantizada, se reunían allí para debatir sobre cuestiones que afectaban a la Confederación. Además, el Parlamento Separatista estaba presidido por el Líder del Congreso Separatista, cargo ocupado durante las Guerras Clon por el senador Siniteen llamado Bec Lawise.
Esta figura, además de liderar la cámara legislativa junto al Jefe de Estado, cargo ocupado por el Conde Dooku, también actuaba como portavoz de los separatistas en múltiples conflictos.
Si hablamos del proceso de elaboración de las leyes, en el Congreso Separatista cualquier senador podía proponer una nueva legislación, pero sin una mayoría que la apoyara, cualquier propuesta quedaría en el olvido. Sin embargo, con el fin de poder llevar a cabo las tareas legislativas, el funcionamiento del Congreso estaba regido por una declaración de derechos, aprobada por la cámara y conocida como los Estatutos de los Sistemas Independientes. Uno de los procedimientos que establecían estos Estatutos era que, en el caso de que se produjera una votación sobre la apertura de negociaciones de paz con la República Galáctica, el voto de los senadores debería ser necesariamente de voz.
Mientras que el Congreso Separatista era considerado la rama civil de las instituciones de gobierno separatistas, otro órgano de poder también era decisivo en la política de la Confederación. Este era el Consejo Separatista, compuesto únicamente por los líderes de las corporaciones que financiaban la maquinaria de guerra del ejército separatista y repartían los recursos entre los sistemas del movimiento.
A pesar de la existencia del sistema político que os hemos expuesto, en la práctica, el control de la Confederación de Sistemas Independientes estaba sometido a la voluntad de unos pocos. El gran poder de las corporaciones del Consejo y los intereses de Dooku, siendo el Sith Darth Tyranus y aprendiz de Darth Sidious, acabaron desacreditando al Congreso Separatista, ignorando o manipulando sus decisiones y ocultando a la población civil los despiadados métodos de sus fuerzas militares, lideradas por el General Grievous. De este modo, desde la República se acabó viendo a los senadores separatistas como simples peones del Conde Dooku.
En conclusión, se puede afirmar que, queriendo huir de las malas praxis republicanas, los sistemas de la Confederación acabaron formando parte de un sistema igualmente corrupto y condicionado por los intereses económicos. Al fin y al cabo, quizá los dos bandos de las Guerras Clon no eran tan distintos.