Aayla Secura fue una Twi’lek con sensibilidad a la Fuerza, nacida en el planeta Ryloth. Como otros niños sensibles a la Fuerza, fue llevada al Templo Jedi en Coruscant, donde fue entrenada. Una vez superadas las pruebas de iniciación, se convirtió en la Padawan de Quinlan Vos. Bajo su tutela, Secura alcanzó el rango de Caballero Jedi antes de los eventos de El Ataque de los Clones, cuando formó parte del equipo de rescate enviado al planeta Geonosis para rescatar a Obi-wan, Anakin y Padme. Tras este evento y el inicio de las Guerras Clon, a Aayla Secura se le asignó un destacamento de tropas clon, el 327º Cuerpo Estelar, junto al Comandante Clon CC-5052, conocido como Bly.
Durante el conflicto, su destacamento fue enviado al planeta Quell a luchar contra la Alianza Separatista en la que se conocería como La Batalla de Quell. Su nave estelar fue dañada por los Separatistas, estando en órbita planetaria, y fueron invadidos por droides B2. Gracias a los refuerzos que recibieron de Anakin Skywalker, su aprendiz Ahsoka Tano y el Capitán Rex, consiguieron repeler el primer ataque, pero la siguiente oleada de droides les obligó a abandonar la nave.
Al intentar escapar, se produjo una explosión que avanzó hacia ellos. Skywalker, utilizando la Fuerza, empujó a sus compañeros fuera del rango de la explosión, pero quedó gravemente herido. Tras activarse el Salto Hiperespacial, la nave en la que huían acabo estrellándose en el planeta Maridun. Ya en el planeta, Secura y Tano, junto con algunos clones, fueron a buscar ayuda, hasta llegar al poblado Lurmen. Allí, el anciano Tee Watt Kaa permitió ir a su hijo a ayudarles siempre y cuando Secura permaneciera en la villa. Tras conseguir curar a Anakin, la aldea fue atacada por Fuerzas Separatistas bajo el mando del General Lok Durd. Al ver esto, los Jedi, ya con Anakin recuperado y junto al resto de clones, intervinieron, venciendo a los separatistas y capturando a su general.
Aayla Secura también tomó parte en algunos conflictos posteriores durante los Guerras Clon. Estaba presente en el Templo Jedi, en el centro de comunicaciones, cuando Cad Bane se infiltró para robar un Holocrón. Al irrumpir el droide Todo-360 con una bomba en la sala, Secura fue salvada por el Maestro Mace Windu, quien empujó al droide lejos de la Twi’lek y los demás Jedi que se encontraban allí, evitando que la explosión de la bomba les afectara. También ayudó, junto con el Maestro Yoda, en el incidente en Coruscant con la Bestia Zillo. La criatura capturó el vehículo en el que se encontraban Skywalker, Amidala, Palpatine, R2D2 y C3PO y, gracias a Secura y Yoda, pudieron escapar de sus garras.
Casi al final de las Guerras Clon, la República recibió información de que el Conde Dooku había hecho frente a un usuario de la Fuerza de piel roja en Ord Mantell. Secura, Windu, Kenobi y Tiplee fueron a investigar, temiendo que ese usuario de la Fuerza fuera Darth Maul. Al abordar la nave en la que se encontraban, acabaron entablando combate contra ambos contendientes Sith, quienes lograron escapar. (Estos eventos son narrados en el cómic Darth Maul: Hijo de Dathomir)
Cuando el Canciller Palpatine activó la Orden 66, la ahora Maestra Aayla Secura se encontraba en el Borde Exterior, en el planeta Felucia, combatiendo a las Fuerzas Separatistas. En el momento en que los clones se rebelaron contra los Jedi, Secura estaba distraída y fue ejecutada a traición por la espalda, sin poder responder al fuego de su pelotón.